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Das große Fanal steht bevor. Die Belagerung von Atlantis durch die Wraith soll ein für allemal beendet werden. Während Lieutenant Aiden Ford sich von einer schweren Attacke erholt, bereitet sich das Atlantis-Team auf die entscheidende Schlacht vor.Dabei erhalten sie Hilfe von der Erde. Das Sternenschiff Daedalus kann die Angriffsreihen der Wraith durchbrechen. Gemeinsam mit dem Atlantis-Team gelingt es ihre Attacken abzuwehren. Der Plan ist es, den Wraith mittels einer Atomexplosion vorzugaukeln, Atlantis habe sich selbst zerstört. Das gelingt auch, doch schon wenig später greifen die Wraith wieder an – diesmal mit ihrer ganzen Flotte. Den Verteidigern bleibt nur ein Tag Zeit, um ihre Abwehranlagen so umzubauen, dass sie diesem Angriff standhalten können. Deshalb muss Dr. McKay zu drastischen Mitteln greifen.
Währenddessen erholt sich Lieutenant Aiden Ford von seinem fast tödlichen Zusammenstoß mit den Wraith. Die Besserung schreitet so schnell voran, dass sein Arzt befürchtet, die Wraith haben den tapferen Stargate-Trooper mit einem gefährlichen Enzym infiziert.
