Über das kleine Städtchen Smallville in Kansas geht im Jahre 1989 ein verheerender Meteoritenschauer nieder. Der Gesteinsregen aus dem All bringt aber nicht nur Tod und Verwüstung: In einem Raumschiff finden der Farmer Jonathan Kent und seine Frau Martha ein kleines Kind. Das Ehepaar, das sich schon lange Kinder wünscht, aber keine eigenen bekommen kann, verschweigt die Herkunft des kleinen Jungen und nimmt ihn bei sich auf.
Zwölf Jahre später geht Clark Kent (Tom Welling) auf die Highschool und langsam entdeckt er die Möglichkeiten, die in ihm stecken: Er ist stärker und schneller als seine Schulkameraden. Aber seine geheimnisvollen Kräfte und seine Herkunft muss er verbergen. Sie sind gleichzeitig ein Fluch, denn Clark kann mit keinem seiner Freunde darüber reden. Auch nicht mit Lex Luthor, der sich ebenfalls als Außenseiter fühlt. Seit Clark ihm einmal das Leben gerettet hat, spürt Lex, dass seinem Freund etwas Besonderes anhaftet. Er beobachtet Clark mit einer Mischung aus Neugier, Anteilnahme aber auch Skepsis. Die Serie zeigt, warum aus den beiden Freunden Clark Kent und Lex Luthor später Todfeinde werden.
Währenddessen geschehen seltsame Dinge in Smallville. Menschen, die mit Überresten des Meteoritenschauers in Berührung kommen, besitzen plötzlich eigenartige Fähigkeiten. Jede Woche taucht ein neuer Gegner auf und jedes Mal muss Clark seine Freunde und die Bewohner des kleinen Städtchens vor Unheil bewahren - und darf dabei auf gar keinen Fall auffallen.
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